两家公司分别在不同的银行发工资，会扣税吗？

会扣税，但合法。依据《个人所得税法》，无论工资发放次数，只要按税务规定申报纳税即合法。未及时申报纳税可能导致税务违规及处罚。
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常见处理方式是公司代扣代缴个税。选择处理方式时，应确保公司遵循税务机关核定的纳税申报方式，以合法避税。
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需扣税。操作：1.公司需按税务规定代扣代缴个税；2.员工应确认工资单上的扣税情况；3.如有问题，及时与税务部门沟通解决，确保合法纳税。